Dunque, CREDO che ti occorra qualcosa di simile:
codice:
var myBrowser=navigator.appName
if (myBrowser.indexOf('Explorer')!=-1) {
  for (var i=0; i<document.all.tags('div').length; i++) {
    if (document.all.tags[i].class=="pippo") {
      ...
    }
  }
} else {
  for (var j=0; j<document.layers.length; j++) {
    if (document.layers[j].class=="pippo") {
      ...
    }
  }
}
Non sono sicuro della sintassi e degli oggetti che ho utilizzato, ma più o meno spero di aver reso l'idea di cosa potresti fare.

Personalmente però sceglierei un'altra strada (quella indicata da CYberpunkSystemOne):
1) Modificherei lo script PHP in modo che creasse dei layer con IDs univoci (myLayer+contatore=myLayer0, myLayer1, myLayer2, ...)
2) Richiamerei i layers secondo il loro ID:
codice:
var i=0;
while (document.getElementByID('myLayer'+i)) {
  i++;
  ...

}