Io non mi intendo molto di ODP e non so se dal "lato ODP" abbiano potuto fare qualcosa che ha influito sulla presenza del sito sulla directory di Google ma non sulla directory di ODP.

"A naso", direi che nel caso in questione la cosa sarebbe improbabile. Ma qui saprebbe rispondere meglio un editor ODP.

Quindi vado un po' alla cieca: hai per caso da qualche parte una pagina con un redirect alla pagina che è scomparsa dalla directory di Google?

Inoltre, se fornisci gli URL dei siti e delle categorie in cui sono ospitati, magari è possibile farsi un'idea più chiara della situazione.