Qundo apri la popup abbi cura di assegnare ad una variabile globale l'oggetto:

<script>
var fin;
function apriPop() {
fin = window.open("pagina.htm");
}
</script>

Quando vorrai chiudere la popup dovrai semplicemente fare:

fin.close()

Non so dirti come si richiama da un filmato... non conosco flash.

ciao