<body onload="menu()"></body>

Quando viene eseguita una document.write() a pagina ormai completata l'intero contenuto della pagina viene sovrascritta...

sarebbe meglio:

<head>
<style ...></style>
<script src...></script>
</head>
<body>
<script>menu()</script>
</body>

che somiglia alla tua struttura:
<head>
<link css>
</head>
<body>
<script></script>
</body>

ma non so cosa c'era dentro lo script.

ciao