Caricando la p2 hai perso il riferimento alla pagina. Devi ricrearlo.

Nella p1:
var popup = window.open (url, "NOMEFINESTRA", ...);


Nella p2:
var popup = window.open ("", "NOMEFINESTRA", ...); // ridefinisci il valore di popup
popup.close();

Nota: nelle due aperture, il secondo parametro deve essere uguale (nota che non c'e` url nella seconda chiamata).

Ciao
Michele