Questo è quello che faccio

ho 3 pagine:
p1
p2
popup

la p1 apre il popup, questo a sua volta reindirizza la pagina "madre" o meglio la opener (p1) alla p2 e poi si chiude

nella p1
<a href="pagina.asp?par1=<%=valore1%>" target="_blank">

nella popup usa questo codice:

window.opener.document.location.href = "../index.asp"
window.close();

Si le pagine appartengono al solito dominio

se non ti è chiaro fammi sapere
ciao