Non è che per caso stai usando in una sola pagina tanti JavaScript differenti che non hai scritto tu?

Se è così, e ne sono abbastanza convinto, allora è necessario che te li modifichi tutti a mano, visto che se gli script vanno in conflitto è perchè usano tutti lo stesso timer, e quindi li devi riscrivere perchè usino timer diversi oppure devi unificare le funzioni che vengono richiamate con i vari timer in una sola.

In ogni caso è un lavoraccio, forse ancora più lungo e difficile che provare a scriverseli da se.

Auguri!

P.S.: per essere sicuri che sia come dico io, basta che tu lasci un solo script alla volta, disattivando tutti gli altri: se così ognuno degli script funziona, allora è proprio un conflitto tra di essi...