personalmente ti suggerisco di cambiare innanzitutto browser. Butta via Explorer e prendi un browser più solido (magari Opera).
Se proprio vuoi tenere Explorer, vai negli strumenti/opzioni e solleva il livello di protezione al massimo, poi vai in Privacy e metti al massimo anche quella.
Gli script non verranno più eseguiti e i cookies non potranno esserti inviati (quelli eventualmente già presenti verranno ignorati, sarà impossibile per le connessioni esterne leggerli).
Ma attenzione: così facendo molti siti ti risulteranno scarsamente navigabili, alcuni non funzioneranno proprio (per esempio non potresti usare questo forum...).

Se un po' te la cavi smanettando con le impostazioni, anzichè usare le opzioni automatiche vai in quelle avanzate e disattiva il download automatico, e chiedi sia necessaria la conferma per eseguire script (ma è tedioso, ogni qualvolta ne becca uno ti chiede "lo faccio partire?").

Munisciti di un firewall, di un buon antivirus (quindi non Symantec/Norton), di un software per la rimozione dei trojans e degli spyware (ad esempio AdAware) e impara a leggere bene i messaggi che ti appaiono durante la navigazione prima di premere indiscriminatamente "si" o "ok".

buona fortuna