Non conosco le specifiche di realizzazione del tuo lavoro, ma potresti semplicemente usare 1 solo proiettore (il filmato principale).
L'altro filmato lo esporti come swf e dal proiettore carichi questo con una loadMovienum su un altro livello: in questo modo la variabile del colore resta sempre "viva" e la puoi recuperare come _level0.variabilecolore