Dipende, come piu' volte spiegato in questi ultimi giorni, da come viene richiamato lo script.
Con la sintassi:

<a href="javascript:eccetera..">

si ottiene, come in un normale link che punta ad una pagina, che il browser si aspetta di dover caricare una nuova pagina, quindi smette di "badare" a quella corrente.

Poiche' quando si clicca su un link il primo evento ad essere gestito e' onclick, si adotta questa sintassi:

<a href="indifferente" onclick="istruzioni js;return false;">

il browser esegue le istruzioni nell'ordine in cui le trova ed alla fine esegue quella in grassetto... dalla quale apprende che non deve continuare l'esecuzione del link, ovvero non deve andare alla pagina indicata con href (ecco perche' e' indifferente cio' che ci si scrive) e quindi continua a "badare" alla pagina corrente

Scusa la poca chiarezza... ma alla fine del discorso, nel tuo caso, prova ad adottare questa sintassi:

<a href="" onclick="window.open('mappa/mappa.htm','','width=606,height=536,scrollbars=no, resizable=1');return false;">

ciao