La popup contiene solo il messaggio? Il problema e' che se cambia la pagina che 'lha aperta si perdono i riferimenti alla popup... ma per superare questo limite puoi utilizzare il sistema appresso descritto.

Nell'apertura della popup abbi cura di assegnarle un nome:
window.open("messaggio.htm","MioNomeDiPopup")

Ora per poterla chiudere da una qualunque altra pagina devi... riaprirla

miaWin=window.open("about:blank","MioNomeDiPopup") ;
miaWin.close();

ciao