Sei il mio salvatore...
Ci avevo anche provato in questa maniera, ma evidentemente sbagliavo qualcosa. La soluzione migliore, nel mio caso (ed all'inizio avevo fatto così), era di includere il mio upload direttamente nella popup, per poi farla chiudere e ricaricare la pagina "madre". Tecnicamente funzionava, ma mi creava degli altri problemi con lo script in ASP.

Comunque a buon rendere. Ciao e grazie.