Semplicemente usando navigator.appVersion. Dopo ti basta ricercare la stringa .NET. Se c'è allora il Framework è installato.

<script language="JavaScript" type="text/javascript">
<!--
document.write(navigator.appVersion);
//-->
</script>

che nel mio caso visualizza...
4.0 (compatible; MSIE 6.0; Windows NT 5.1; [/b].NET CLR 1.0.3705[/b])