Il padding serve per gestire la spaziatura interna di un elemento, solitamente per il body non serve così la si imposta a zero.

margin: auto; è il corretto codice CSS per gestire equamente i margini di un documento html nella finestra del browser, solo che IE5 non lo supporta così bisogna usare l'artifizio di text-align: center; per centrare tutto ciò che vi è nel body (ovvero il sito).

Se vuoi gestire l'allineamento della tabella (che immagino contenga il tuo sito) solo tramite codice HTML allora come ho detto prima devi inserire tutto ciò che ti interessa centrare nella pagina nel tag <div align="center">...contenuto sito...</div> subito all'interno del body.

Questi sono metodi che funzionano con tutti i browser, se non ci riesci ricontrolla bene il codice perchè deve funzionare, probabilmente sbagli qualcosa.