In che senso dei problemi? I problemi possono derivarti solo dal fatto che potresti incasinarti a livello di strutturazione se l'interfaccia fosse molto complessa, ma con Flash hai il vantaggio di caricare solo i dati che ti servono nel momento in cui ti servono senza ricaricare tutta la pagina che con un output HTML necessita di un refresh. Altri problemi non ne vedo, anzi, vedo quasi solo vantaggi, logicamente se sarai in grado di gestirti bene il lavoro e soprattutto dopo un'attenta e precisa progettazione.