Ciao,
se ho intuito bene il tuo problema e che se clicchi sulle diverse miniature dopo la prima le immagini ti si caricano tutte nella stessa finestra di popup senza aprirne una nuova ogni volta.
La funzione window.open acceta più di un parametro:
- il primo è il nome del file da aprire
- il secondo è il nome da assegnare alla finestra da aprire
- il terzo racchiude tutta una serie di opzioni come altezza. larghezza, presenza o no delle toolbars etc etc

Per far si che le varie popup ti si aprano in pagine diverse assegna sempre nomi di funzioni diverse:

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2
3