codice:
<script ...>
if(screen.width < 1000) 
document.write('\<style type=\"text\/css\" src=\"stile800\.css\" \/\>');
else
document.write('\<style type=\"text\/css\" src=\"stile1024\.css\" \/\>');
</script>
Naturalmente da mettere nella head, fuori dalle funzioni.

Ciao
Michele