In questo invece non scorrono i secondi!

var ora=new date();
hour=ora.getHours();
min=ora.getMinutes();
sec=ora.getSeconds();
var orario=hour+"."+min+"."+sec;
if(sec<=9){var orario=hour+"."+min+".0"+sec};
if(min<=9){var orario=hour+".0"+min+"."+sec};
if(min<=9&&sec<=9){var orario=hour+".0"+min+".0"