dipende da come hai costruito il tuo filmato...
Ricorda che i clip duplicati vengono messi su dei livelli superiori e quindi se la mascheratura avviene tramite un layer maschera sotto al quale c'è il layer contenente il clip da duplicare, i duplicati si troveranno sopra la maschera per cui NON avrai mascheratura.

Il consiglio è (ma non è detto che vada bene per il tuo problema specifico) creare un movieclip che contenga sia il clip da mascherare che la maschera. Quindi duplicare il movieclip contenitore.