Quel montaggio di nomi di variabili non e` possibile (ma credo in nessun linguaggio).

Vedi questa modifica:
codice:
var myPop = new Array();
var myPop[0] = window.open(...);
var myPop[1] = window.open(...);
var myPop[2] = window.open(...);

function chiudiPops() {
  for (var i=0; i<myPop.length; i++) {
    myPop[i].close();
  }
}

window.onfocus=chiudiPops();
Ciao
Michele