Salve,
per prima cosa grazie per le risposte.
Ho sostituito il codice originale con quello che Xinod mi hai postato

if(!window.opener)
{
window.open("<?php echo $url;?>").blur(); window.focus();
}

ma ora praticamente non si apre più alcuna popup.
L'intenzione sarebbe quella di far aprire solo una prima finestra che, anche se contiene a sua volta il richiamo allo script java dovrebbe non lanciare la sua popunder.

Ribadendo la mia ignoranza con javasrcipt, vorrei chiederti di farmi un'esempio pratico.
per esporre meglio il problema, ti posto la pagina php in cui e' annidato lo script.

################################################## ########

<?
if($uid == "") exit;
$htref=$HTTP_REFERER."|".$HTTP_USER_AGENT."|".$REM OTE_PORT."|".$REQUEST_METHOD."|".$QUERY_STRING; require "conf/sys.conf";
require "lib/mysql.lib";
require "lib/ban.lib";
require "lib/bann.lib";

$d_url = get_ban($DURL_P);
function go($url="") {
global $d_url;
if (!$url) $url=$d_url;
{
?>

// Inizio Codice Popunder

if(!window.opener)
{
window.open("<?php echo $url;?>").blur(); window.focus();
}

<?
}

}

$db = c();

if (!$ipfseconds) $ipfseconds=300;
$sql_cur_period2 = "and idate>=".(time()-$ipfseconds);
if(!e(q("select id from previews where ifrom='$REMOTE_ADDR' $sql_cur_period2"))) {go();exit;}

ECC... ECC... ECC...

################################################## ##########

Grazie.