Nel Classpath metti l'indirizzo base dei tuoi package insieme al .;
Se ad esempio hai un package del tipo package dir1.dir2; e i file si trovano in c:\miefile\dir1\dir2\
nel classpath dovrai avere

CLASSPATH=.;c:\mieifile;

Se vuoi che tutti gli utenti possano utilizzare quel classpath lo inserisci in variabili d'ambiente , altrimenti come variabile d'utente.