La prima cosa che mi viene in mente (ma non ci credo molto nemmeno io...) è che sia un modo per farti capire che è scaduta la versione trial (che mi sembra sia 120 gg).... ma non capisco perchè Query Analizer dovrebbe continuare a funzionare...
Prova a verificare di avere ancora nel tuo PC il file "SQL Server Enterprise Manager.MSC" e prova eventualmente a farti (rifarti...) la mmc "manualmente".
Start - esegui - mmc - file - "aggiungi/rimuovi snap-in" - aggiungi (in basso) - cerchi "Microsoft SQL Server Enterprise Manager" - aggiungi - (chiudi) - (OK).
Poi usi "salva con nome" e ti salvi questo nuovo file .msc (con il nome che vuoi tu) per esempio sul desktop. Facendogli poi doppio click partirà come un programma e ti apparirà (almeno da me funziona così) l'Enterprise Manager.
Nel caso non riuscissi a risolvere la cosa ti consiglio (forse già lo conosci) un valido sostituto dell'Enterprise Manager; è open source (quindi free) ed è davvero valido: www.aquafold.com