var cosahacliccato = confirm("clicca OK o annulla");
se clicca OK cosahacliccato diventa true
se clicca annulla diventa false

quindi puoi fare una cosa del genere

if(confirm("Sei sicuro di voler passare all'altra pagina?")) {
window.open("pippo.htm","","width=500,height=500") ;
}
else {
alert("pazienza... peggio per te!");
}

se vuoi puoi anche togliere l'else