io ho fatto cosi per fare le prove:

ho la solita dir wwwroot.

però i siti di prova li ho messi in un'altra dir
d:\my-siti\sito1
d:\my-siti\sito2
d:\my-siti\sito3

in IIS ho fatto una dir virtuale a sito1 e un sito web a sito2.

sito1 come dici tu lo vedo facendo
http//locahost/sito1/

però l'altro facendo
http://sito2

no non mi va nella intranet ma credo che esca fuori su internet.