alla fine un file xml è un file di testo, formattato, strutturato quanto vuoi, ma sempre un file di testo.
Dovresti tu gestire transazioni, rollback, indicizzazioni e ottimizzazioni che un db può darti di default mentra con xml dovresti gestirtele tu.
Il pro sarebbe per l'appunto nno essere costretto ad appoggiarti ad un db (Oracle o access, per cui a pagamento, o my-sql o altri free).
Per pochi dati non troppo strutturati va bene, credo, gestirli con xml, ma se i dati cominciano a diventare molti e complessi, allora credo che serva un db.