Se usi solo Tomcat ( come nel mio caso ), o metti tutto nella root principale oppure modifichi il file server.xml mettendo una cosa del tipo:
Pezzo di codice di server.xml originale

<Context path="/examples" docBase="examples" debug="0"
reloadable="true" crossContext="true">
<Logger className="org.apache.catalina.logger.FileLogger"
prefix="localhost_examples_log." suffix=".txt"
timestamp="true"/>
<Ejb name="ejb/EmplRecord" type="Entity"
home="com.wombat.empl.EmployeeRecordHome"
remote="com.wombat.empl.EmployeeRecord"/>

Modificato:

<Context path="/examples" docBase="examples" debug="0"
reloadable="true" crossContext="true">
<Context path="/MiaCartella" docBase="MiaCartella" debug="0"
reloadable="true" crossContext="true"> <Logger className="org.apache.catalina.logger.FileLogger"
prefix="localhost_examples_log." suffix=".txt"
timestamp="true"/>
<Ejb name="ejb/EmplRecord" type="Entity"
home="com.wombat.empl.EmployeeRecordHome"
remote="com.wombat.empl.EmployeeRecord"/>

Come noti ho aggiunto il pezzo in blu che indica dove trovare tutto l'occorente della mia web-app. Ciao