E' strano che vengano sostituiti. Virgolette e apostrofi, cmq, hanno una loro rappresentazione attraverso le entita' standard di XML.

" = & quot;

' = & apos;

senza spazio dopo la & commerciale.

Prova ad intercettare questi caratteri e a sostituirli con le entita'. Puoi anche farlo a mano su un xml di prova.