Il problema non e' chiaro... se la devi chiudere dalla pagina che l'ha aperta cliccando su un apposito link la popup non avra' piu' il focus
Oppure devi chiuderla dopo un intervallo di tempo prefissato?
Oppure quando perde il focus?

Se specifichi meglio evitiamo di darti 100 possibili soluzioni

ciao