PHP = server, JavaScript = client.

Non puoi sospendere/riprendere l'esecuzione dello script sul server tramite un'azione sul client... devi dividere l'azione in piu' momenti diversi:
1 - php e invio pagina intermedia;
2 - click sul client e invio ulteriore richiesta al server;
3 - altro php che prosegue l'azione e invio pagina finale

Ma in tutto questo il javascript potrebbe essere del tutto assente.

ciao