So che non è la risposta che volevi, ma la penso così...

Secondo me non dovresti generare i tag tramite JS; la struttura dei tag dovrebbe essere costruita lato server, con asp.net, ed il JS dovrebbe solo occuparsi di renderla dinamica, dato che purtroppo molti browser hanno dei grossi problemi con i tag creati da JS...

Altrimenti, hai provato a settare in esplicito lo z-index da JS DOPO avere completato la creazione dei tag?