il nome della finestra lo dai nel secondo parametro della window.open

window.open("pagina.htm","NOMEFINESTRA","....");

la variabile da una popup all'altra la dovresti recuperare/modificare tramite la finestra principale...

top.opener.top.nome_frame.NOMEFINESTRA.top.nomefra mefinestra.nomevar='nuovo valore';

prova e fammi sapere