Se ho capito bene,
dovresti aprire una pop up e in base ai check true della finestra madre, chekkare quelli della pop up.
Giusto???
Allora prova cosi:
<script language="JavaScript">
if(opener.document.nomeform.nome_campo_check.check ed==true){document.nomeform.nome_campo_check.check ed=true}
</script>.
Ciao David