A meno che la versione di xp che hai comprato non sia un semplice aggiornamento non dovresti avere problemi a fare il boot da cd (ovviamente devi impostare il boot da cd da bios)
Comunque sia come dicevo sopra puoi tranquillamente lanciare l'installazione da win 2000 e scegliere di selezionare su quale partizione effettuare l'installazione