prova così:

codice:
// nella popup

var valori="<? echo $valore_text ?>";
var singoli=valori.split(',');

function MyF() {
 var f=document.nomeform;
 for (i=0; i<singoli.length; i++)
  for (j=0; j<f.elements.length; j++)
   if (f.elements[j].type=="checkbox" && f.elements[j].name==singoli[i]) f.elements[j].checked=true;
}
da avviare così:

codice:
<body onLoad="MyF();">
ciao