Credo che la risposta alla domanda di gordian sia:
window.open('pagina.php?var1='+var1+'&var2='+var2) ;

Attenzione ad aggiungere altre cosse: occorre che siano a posto le virgolette (o apici come in questo caso), i segni = (all'interno degli apici) e i segni + (al di fuori).


Ciao
Michele