certo è normale, quella è la finestra che lancia la fullscreen che perde il focus.
Non puoi fare nulla per evitare tutto ciò a meno di usare lo script di BR1 che ridimensiona il browser "sconfinando" la toolbar oltre la parte visibile dello schermo.
Considera anche che per una questione di netiquette non è "cortese" far perdere all'utente tutta la cronologia.