Ciao,
non so se ho capito cosa vuoi fare, ma con .htaccess puoi negare l'accesso alle reuqest HTTP mentre puoi continuare a leggere il file via script.

Quei caratteri binari che ottieni sono il contenuto del file stesso, devi soltanto inviare al browser il giusto header() perchè li interpreti correttamente

header("Content-type: application/pdf");

e poi sotto gli header per far scaricare o visualizzare il file (cerca nel forum ci sono diverse discussioni in proposito)