infatti... ora ti spiego
se hai un checkbox di questo tipo:
<input type="checkbox" name="nome" value="mackey" checked>
checked vuol dire selezionato

con quella funzione lo fai diventare
<input type="checkbox" name="nome" value="" checked>

ma la selezione (spuntatura del checkbox) rimane

in js per togliere/mettere la selezione si fa così
document.forms["nomeform"].elements["nomecheckbox"].checked = true (per metterla) false (per toglierla)

quindi la tua funzione diventa

codice:
function clearCheckbox(){
	var form=window.document.forms[0];
	for (var i=0; i<form.elements.length; i++){
	if (form.elements[i].type=='checkbox')
		form.elements[i].checked=false;
	}
}
ciao!