Non proprio come un'applet fatto con il blocco note: quando un'aplet è fatta con il blocco note si può scegliere che tipo di layout darle... e lo stesso si può fare da JBuilder:
Digli di non usare un LayoutManager oppure vai nel codice del costruttore e digita:
setLayout(null);
o getContentPane().setLayout(null); se estende (come probabilmente fa) JFrame.
Ciao.