se usi il jbuilder sei già a posto! lancia il programma da dentro il compilatore (run active program); la prima riga (C:\Jbuilder\jdk1.4.1\bin....eccetera) è quella che se copiata in un file che chiami avvia.bat ti lancia il programma!
Non è il top dell'eleganza, ma funziona: ti evita di settare tutti i path a mano

ciao