Almeno puoi distinguere/rintracciare le select presenti da una parte del nome? per esempio chiamandole sel1, sel2, sel3...? spero di si:

Esempio:
codice:
<script>
function controlla() {
var rv = true;
var p = ""
var f = document.mioForm;
for (var i=0;(f.elements["sel"+i]&&rv);i++) {
  s = f.elements["sel"+i].selectedIndex;
  if (p.indexOf(s)<0) {
    p = p + "#"+s+"#"
  } else {
    alert("Selezioni duplicate!")
    rv = false;
  }
}
return rv;
}
</script>
...
<form name=mioForm>
<select name=sel0><option>0<option>1<option>2<option>3<option>4</select>
<select name=sel1><option>0<option>1<option>2<option>3<option>4</select>
<select name=sel2><option>0<option>1<option>2<option>3<option>4</select>
<input type=button onclick="controlla();">
</form>
ciao