L'importante è che tu abbia referenziato correttamente le librerie e gli ocx da RIFERIMENTI del progetto...

A quel punto le dipendenze le trova da solo al momento che usi il setup wizard per creare l'installazione....prima fai le dipendenze (c'è l'opzione) e poi crei un pacchetto sulla base di quelle dipendenze....se vuoi assicurati che i file in questione (ad esempio la libreria MSJRO.DLL compaia nell'elenco dei files da includere nel pacchetto)....è tutto