Ciao,
per quanto riguarda la conversione di testo in tracciato lo puoi fare tranquilamente dal menu Testo/Crea Profili (Ctrl+Maisusc+O).

Rispetto al CMYK hai controllato se quando esporti da inDesign in EPS la configurazione del colore è impostata correttamente su "Opzioni EPS"?

In ultima analise controlla le immagini aprendole singolarmente in PS (o altro prg.) e verifica se la modalità di colore è CMYK per tutte.