Posso sbagliarmi ma dovresti verificare su javascript
i riferimenti TOP e cose simili

poichè se al pulsante dopo la window.open associ anche
self.close() il sistema ti restituisce un messaggio del tipo

Hai richiesto di chiudere la pagina principale. Vuoi Proseguire ??

prova ad inserire eventualmente nel <body> della Index.html

onUnload="javascript:self.close()"

ma non assicuro nulla

Ciao