>ho letto in giro che eliminando il clip principale, in questo
>caso "nome_instanza", tutti i clip creati vengono eliminati, anche
>questo è vero?

no, assolutamente.

>so che si può anche creare in un ciclo for o while,
>ma per eliminarli non posso usare uno di questi cicli vero?

puoi benissimo, con un ciclo quasi uguale a quello con cui li hai creati:

codice:
DUPLICAZIONE

for(var i = 0; i < 10; i++){
	mc.duplicateMovieClip("mc" + i, i);
}

RIMOZIONE

for(var i = 0; i < 10; i++){
	this["mc" + i].removeMovieClip();
}