Scusa ma ho sbagliato il codice...
la windows.open andava in fullscreen.

window.self.open('paginainfullscreen.html','miaFin estra','fullscreen=yes' ,toolbar=no, location=no,status=no,menubar=no,scrollb
ars=no,resizable=no');
window.close('this.href');

Il problema non e` il fullscreen in se, e` il far aprire la pagina desiderata direttamente con la formattazione scelta, senza messaggi di richiesta da parte di IE o chicchessia.
Io avevo pensato alla soluzione:
OnLoad apro un altra pagina in fullscreen e chiudo quella corrente, ma sembra non funzionare.
Dovrei in pratica riuscire a trasformare la finestra attuale in una con le caratteristiche che voglio io.