siceramente non dell'ultimo post non ho capito nulla ho mi fai vedere in qualche maniera cosa vuoi fare...
per il problema del js
se nel js c'č la scrttura del div
il div sarā creato prima di chiudere il tag head ed č scorretto
in + se vuoi che il menu si figlio del di un altro box di certono non lo puoi annidare nell'head
http://www.html.it/css/guida_css_27.htm