No, la sottomissione del form viene fatta a livello client, e PHP non ci puo` fare nulla.

Ma ho visto ora che vorresti settare delle variabil PHP da JS, cosa che evidentemente non e` possibile (PHP e` sul server).

E ci sono anche errori nello script (parametri passati):

codice:
function controlla(ff){

var usrFile = ff.userfile.value; 
var usrFile2 = ff.userfile2.value; 

usrFile=usrFile.substr((usrFile.lastIndexOf(.));
usrFile2=usrFile2.substr((usrFile2.lastIndexOf("."));
if ((usrFile != ".txt") || (usrFile2 != ".ps")){
	alert("I file selezionati non hanno un'estensione valida.\nRicontrollare quindi riprovare");
	$_REQUEST['submitted'] = "false";
	return false;
	
}
else{
	alert('OK true!')
	$_REQUEST['submitted'] = "true";	
	return true;

}
}
Ma gli alert te li dava corretti?

E controlla che nella chiamata alla funzione ci sia il return.

Ciao
Michele