sulla pagina padre metti uno script di chiusura...

<script>
var pop1;
var pop2;
...
pop1 = window.open("prima.htm")
pop2 = window.open("seconda.htm")
...
function chiudi(pagina) {
pop1.close();
pop2.close();
location.href=pagina;
}
</script>

da richiamare con:
opener.chiudi("altra.htm");

ciao